En el 2001 un grupo de jóvenes indígenas y deciden formar la   Fundación Wauki Shuku  con el fin de apoyar a la conservación los territrorios indigenas en el Ecuador, apoyar con proyectos productivos alternativos de la explotación de los recursos naturales, desarrollo sostenible y la introducción de la tecnología, donde se hace  un compromiso que se enfocó en apoyar la capacidad socio-organizativa el  derecho a las tierras, la educación intercultural bilingüe, programas de salud intercultural, programas de comunicaciones.

En los primeros años la fundación no  tiene apoyo de ninguna institución  nacional e internacional peor  gubernamental, se decide apoyar profesionalmente a las organizaciones indígenas  como la CONAIE se apoya directamente en el departamento de comunicaciones,  y otras organizaciones de segundo grado en salud intercultural y programa de voluntariado para el trabajo en las comunidades en el sistema de educación.

Sus actividades Tambien se da un  enfoque asistencial, centrado en los niños y niñas de comunidades indígenas de la sierra. Su trabajo se orientó en la salud, educación formal y educación intercultural.

En el año de 2009 se legaliza finalmente la fundación Wauki Shunku obteniendo la personería jurídica emitida por el CODENPE Nº 1780  con fecha 14 de septiembre del 2009 con cede en Quito Ecuador desde donde se esta trabajando en la actualidad en la defensa de los derechos de los pueblos indígenas, rescate de la salud tradicional y  realizando material didactico para las escuelas bilingues del Ecuador.